Oprócz bakterii spotyka się różne drożdżaki i pleśnie, które lubią bardziej stałe i kwaśne pożywienie. Żywią się przeważnie kwasem i cukrem mlekowym. Niektóre spośród nich mają doniosłe znaczenie w dojrzewaniu wielu gatunków serów, szczególnie miękkich.
Drożdżaki wytwarzają z cukru mlekowego alkohol i bezwodnik kwasu węglowego, którymi mogą wywołać wzdęcia serów. W zależności od tego, czy tworzą zarodniki, czy też nie, rozróżnia się prawdziwe drożdżaki (saccharomycetes) i dzikie, czyli terulae, które nie mają zarodników. W mleku spotyka się różne odmiany teruli. Niektóre wytwarzają ciała zapachowe, niektóre gorzkie, zaś inne rozszczepiają tłuszcz i powodują jego jełczenie w maśle i serach. Należą do pospolitych mieszkańców powierzchni serów, szczególnie miękkich.
Mykodermy są bliskie drożdżakom, ale dłuższe od nich. Występują często w mleku i na serach. Pewna ich odmiana pomaga w dojrzewaniu naturalnej zaprawy podpuszczkowej, której używa się w serowarstwie ementalskim. Na normalnie dojrzewającej zaprawie tworzy mykoderma matowobrunatną powlokę i ułatwia rozwój beztlenowym bakteriom casei epsylon, zużywając tlen z powietrza. Niektóre odmiany mykodermy są rozpowszechnione w serowniach francuskich wyrabiających camembert i brie, na których się pojawiają w czasie normalnego przebiegu dojrzewania, jak również na gliwiejących serach twarogowych (np. harckie, kwargle itp.). Spalając kwasy przygotowują one podłoże dla bakterii rozkładu sernika. Niektóre zbyt gorliwe mykodermy rozpłynniają twaróg i sery twarogowe, podobnie jak niektóre odmiany oidiów.
Pleśnie. W serowarstwie spotykamy różne odmiany Oidium i Penicillium — szlachetne i pożyteczne, obojętne, a nawet szkodliwe. Tym szlachetnym pleśniom zawdzięcza francuski przemysł serowarski, np. w Normandii, swój rozkwit i oryginalność. Tamtejszy wilgotny, a przy tym łagodny klimat sprzyja ich inwazji i naturalnemu rozwojowi bez wielkiego zachodu ze strony serowara. którego czynność jest raczej regulująca. Stąd to powstaje trudność naśladowania pleśniowych serów francuskich poza regionalnymi granicami.
Oidium lactis widzimy w postaci białego aksamitnego nalotu na kwaśnej śmietanie i serach. Nie tworzy on osobnych zarodników. Zużywa kwas mlekowy, rozkłada białko, rozszczepia tłuszcz. Optimum rozwoju znajduje się przy 28°C, maksimum przy 38°C, minimum przy 3°C. Rozwój jego hamuje 2 do 4% soli kuchennej.
Szlachetna odmiana pod nazwą Oidium camemberti jest czynna w pierwszym okresie dojrzewania serów camembert, brie itp.
Duże znaczenie mają w serowarstwie pędzlaki (Penicillia), tak pożyteczne jak też szkodliwe. Do pożytecznych należą szlachetne odmiany Penicillium glaucum, jak Penicillium roqueforti i Penicillium camemberti. Natomiast szkodliwe są Penicillium brevicaule, Penicillium bruneo-violaceum, Penicillium biforme, Penicillium commune.
Penicillium roąueforti jest odmianą Penicillium glaucum, zarodniki jego mają barwę zielononiebieską, jest niezbędny w dojrzewaniu sera roquefort.
Podobne odmiany są czynne w serach gorgonzola, stilten, gammel.
Na pleśniowych serach francuskich typu camembert, brie itp. rozwija się i nadaje im charakterystyczne cechy Penicillium candidum, którego zarodniki są białe i takimi pozostają, jak też Penicillium camembert (album), które jest również białe, zanim wytworzy zarodniki, później zaś zmienia swą białą szatę na zielononiebieską zależną od barwy zarodników. Obie odmiany znane są także pod nazwą Penicillium camemberti.
Szkodliwe Penicillium brevicaule pojawia się na dojrzalszych miękkich serach, gdyż nie znosi kwasu, rozrasta się dobrze powyżej pH 7. Rozszczepia także tłuszcz. Ma barwę szarą, brunatną do czarnej. Penicillium commune jest zielone na starość brunatnieje. Spód ma nie zabarwiony, zapach ostry. Penicillium bruneo-violaceum — pędzlak czerwonofiołkowy, w starości brunatnozielony, jeszcze później szarofiołkowy. Napada szczególnie sery brie i camembert. Jego rozwój hamuje kwas mlekowy, jednak znosi on do 10% soli.
Penicillium glaucum istnieje w wielu odmianach pospolitych i szlachetnych. Powyżej poznaliśmy jego szlachetne odmiany.
Spotykamy też pleśnie głowiaste (mucor) tworzące na serach pajęczynowate nitki o różnym zabarwieniu. Cukru mlekowego nie naruszają, za to często rozszczepiają tłuszcz i rozkładają peptony aż do amoniaku. Są częstymi gośćmi na powierzchni serów. Lubią niskie temperatury.
Zarodniki pleśni znajdują się zawsze w powietrzu, żywo rozwijają się tam, gdzie jest wilgoć oraz pożywienie. Przeto nie należy obryzgiwać ścian serwatką oraz należy unikać zbytecznego rozlewania wody i marnowania pary.